「2061年、ヘイウッド・フロイドは高鳴る動悸を抑えきれなかった。75年ぶりに再接近してきたハレー彗星の探査計画への参加を要請されたのだ。最新型のミューオン駆動宇宙船ユニバース号に乗り組みハレー彗星をめざす―そして、みずからの手で彗星を調査する。だが、彗星に着地し探査を始めたフロイドたちを、思いもよらぬ事件が待ち受けていた。」
あれ（2010年のディスカバリー号回収計画のこと。ここでボーマンが再登場し、エウロパに手を出すなと警告する。直後に木星が爆縮し小さな太陽になった。ハルの｢意識」はモノリスの力を借りて、機械の桎梏から脱出しボーマンと再会する）から50年。有機化合物の燃焼によらないエンジンが開発され、木星まで数ヶ月という旅行が可能になった。今(2061年）では木星(ルシファーと名を改めた）の衛星ガニメデは地球人の手により開発が行われている。フロイドは107歳というのに元気。1986年の次のハレー彗星回帰にあわせて、宇宙船で核に向かうツアーに参加していた。この行動力とか、老年になって家族と離れ一人で暮らすこととかは、作者自身の反映だろう。好奇心と独立心の旺盛な人だ。
1968年から1986年までの約20年の間に、科学（とくに天文学と生物学）はいろいろなことを明らかにした。それを反映している。たとえば、炭素化合物を使わないで生体を構成できるとか、炭素ではない化合物を自己内で変換させてエネルギーを得るとか、光がなくてもエネルギーを得ることができるとか、こんなことが妄想から可能性に変わった。それらの着想はエウロパの生物描写に反映されている。彗星の核が氷と炭化物の混合で、それほど堅固なものではない（太陽を一回転するごとに大きなダメージを受けて形を変えていく、とか）。この知見は彗星に宇宙船が着陸する可能性を見出す。このような変化があって、「2001年宇宙の旅」の静的な雰囲気やカルチャーショックで茫然自失したニヒリズムが、ここでは科学者の好奇心、エンジニアのプロジェクト達成への熱意、管理者の危機管理などの人間模様を描いて動的な雰囲気になっている。前半には、このような冒険と危機（彗星の核を冒険すること、ガニメデ宇宙船がハイジャックにあうこと、彼らを救出するために彗星探査船が奇想ではあるが合理的な解決方法を見出すこと）を描く。これは経営者やマネージャーの役職にあるものには、どこかのビジネススクールで課題にしそうなケーススタディになるだろう。
（ぼやきになるけど、この種の宇宙空間における危機と少ない資源・足りない時間で問題解決をしようというのは、このあと制作された映画で繰り返し描かれたように思う。たとえば、なんとかとかなんとかとか。地上の危機では個人の知恵と力と勇気で乗り越えられることがあり、それは冒険小説などでさまざまに描かれていたが、宇宙だと組織的な対応が不可欠でそれは企業や組織のプロジェクト管理に応用できるものだからかな。）
一方、ガニメデの宇宙船はハイジャックされ、禁忌の衛星エウロパに強制着陸する。彼らは助かるのか(付近に彼らを救出する宇宙船はひとつもない）、なぜ禁断の地エウロパを目指す陰謀があったのか。そしてハル、ボーマンたちとモノリスはなにを意図しているのか、このあたりが後半のテーマになっている。ここになると、もうひとつわくわくするところがなかったなあ。たぶんハルやボーマンがなぜかモノリス(この小説になると、モノリスの作成＜者＞よりもモノリス自体のほうが神秘的な存在になっている）に選抜され、永遠不滅の＜魂＞を入手するというのが、気にいらないからだろう。この種の国家的・地球的プロジェクトに参加しない・できない自分のやっかみだろう。彼らエリート（選抜の基準のひとつは知識と技術と経験で、神秘的な交換能力ではない）が選抜される。選ばれた人間がより優れた存在、魂に触れることができ、地上やこの世界とは別の世界に上ることができる、というのは、キリスト教とかユダヤ教などを連想させる。ここらへんに、ある種の差別というか優越感をみいだすからなのかしら。
